非标记定量蛋白质组学（Label Free）是近年来比较常见的一种对样本中蛋白质进行大规模相对定量分析的分析方法。

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药物多肽的全序列测定采用埃德曼技术，其特点:1、蛋白质/多肽的N末端氨基酸序列测定2、能连续测定N端60个以上的氨基酸序列3、样品来源:天然提取（动物/植物/微生物）；合成多肽；表达重组等

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蛋白质的Western印迹技术结合了凝胶电泳的高分辨率和固相免疫测定的特异敏感等多种特点。通过电泳区分不同的组分，并转移至固相支持物，通过特异性试剂（抗体）作为探针，对靶物质进行检测。

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蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化

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ITRAQ差异蛋白检测分析

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TMT和iTRAQ是目前常用的多肽体外标记定量技术。

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代谢组学的研究一方面可以发掘一些新的分子标志物，另一方面通过与蛋白质组学、基因组学数据的联动分析，可以从原因和结果两方面分析生物体的内在变化，将系统生物学的研究推向更高发展水平。

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